Bir anda tüm dünyada ortaya çıkan ve üstün bir teknolojiye sahip olan Fleet of Fog adındaki savaş gemileri ile insanlar arasında savaş başlamıştır. Bu teknolojiye karşı koyamayan insanlar savaştan geri çekilmiş ve sulardaki egemenliklerini kaybetmişlerdir. Savaşın bitmesinden 17 yıl sonra , Gunz Chihaya ve arkadaşları bir şekilde ele geçirdikleri Fleet of Fogâ denizaltısının adını I-401 olarak değiştirirler ve I-401'in insan görünümümdeki zihinsel modeli (ona) ile birlikte ''Fleet of Fog'' ile savaşmaya başlarlar.