Hikaye 21. yüzyılın başlarında Büyük ve görkemli Japonya'da geçiyor. Tokugawa Shogunate Klanı'nın üstünlüğündeki bu Japonya'da öğrenci konseyleri bölgelerine hakim olmaktadır. Derken bir gün Yagyuu Muneakira adındaki bir lise öğrencisi dojosuna gelince tanımadığı iki samuray kızla karşılaşır. Daha sonra öğrenci konseyi tarafından aranan bu samuraylara içi ısınan Muneakira onlara yardım eder ve olaylar şekillenmeye başlar.   Hyakka Ryouran: Samurai Girl'ün 2'nci sezonudur.