Kemurikusa, suyun zor bulunduğu ve böcek denilen canavarlar tarafından istila edilen apokaliptik bir dünyada geçiyor. Hikaye, özel bir ağacın yapraklarını yiyerek özel güçler elde edebilen 3 kızı konu ediyor. Fakat bunu yapmak için ağacın da kızlar gibi suya ihtiyacı var. Bir gün, adaların birinden su almaya çalışırken garip bir çocuk ortaya çıkıyor. Bu çocuğun tehlikeli olup olmadığını anlayamıyorlar, ama sonsuza dek yaşamaklarına yetecek suya sahip büyük bir göl olduğuna inandıkları yeni bir adaya yaptıkları yolculukda onu yanlarına almaya karar verirler. Sorun şu ki, oraya ulaşmak için bazı tehlikeli arazileri atlatmak zorundalar.