1975 yılında Kyushu'da Jama İmparatorluğu'na karşı Japon Güvelik Kuvvetleri savaşmaktadır. Jeeg'le Kraliçe Himika ve emrindekileler arasındaki çatışmalardan sonra Kyushu kara bulutlarla kaplanır ve ileride & bölge adını alacak girilemez ve çıkılamaz bir boşluk içinde kalır. Kyushuâ'la dış dünya arasındaki tüm iletişim kesilir. Bölgede bir değişim olmadan yıllar akıp geçtikçe, insanlar ve dünya devletleri bölgeye olan ilgilerini tamamen kaybederler. Ancak Japon Hükümeti olası bir saldırıya karşı bölgeyi izlemek için & Ãœst Teşkilat adlı bir birim oluşturur. Kyushu'ya olan olaydan 50 yıl geçmiştir. Tüm dünya hayatına normal bir şekilde devam etmektedir. Ancak, Jama İmparatorluğu'nun Kraliçesi Himika ve emrindekiler uyanırlar ve Kusanagi Kenji adlı bir lise öğrencisi Jeeg'i kontrol etmeye başlar. Ve hikaye başlar