Hikaye, Edo döneminin başlarında tüm Japonya'ya şok dalgaları gönderen Shimabara İsyanı'nın efsanevi kökeni olan Minami Shimabara kentindeki Nagasaki vilayetinde geçiyor. Aynı zamanda Shirou adlı üçüncü sınıf bir ortaokul öğrencisinin günlerini okul arkadaşlarıyla geçirdiği yerdir. Bir yaz günü, Shirou'nun büyük çocukluk arkadaşı Akane, Tokyo'dan Minami Shimabara'ya döner. Shirou ve Akane, başka bir uzun süreli arkadaşları Tokiya ile Minami Shimabara'da gezintiye çıkar. Bu arkadaşlar nostalji ve daha karmaşık duygularla uğraşırken karşısına Goron adında gizemli bir yaratık çıkar. Küçük bir yaratıkla yaşanan bu karşılaşma, bu şehirde büyük olayların bir kez daha yaşanmasına neden oluyor...