Sevgi dolu bir aile, iyi arkadaşlar, kahkahalar ve göz yaşları... Tüm bunlar Mitakihara Şehri orta okulunda 2. sınıfta okuyan Kaname Madoka'nın sıradan hayatını oluşturan şeyler. Bir gece, Madoka rüyasında siyah saçlı gizemli bir kızı korkunç bir kötülüğe karşı savaşırken görür. Ertesi gün Akemi Homura adlı bu kızın kendi sınıfa transfer olduğunu öğrenir. Bu karşılaşma Madoka'nın hayatını sonsuza dek değiştirecek olaylara yol açar.