Japonya'daki otaku kültürünün "SSC" ismiyle bilinen gizemli bir organizasyon tarafından yok edildiği distopik bir yakın gelecekte geçen Magical Girl Destroyers, otaku kültürünü seven genç devrimci Otaku Kahraman ile ona hayranlık duyan sihirli kızlar Anarchy, Blue ve Pink'in talihsizliklerini konu alıyor. Birlikte "sevdiğin şey hakkında sevdiğin şeyi istediğince söyleyebileceğin bir dünya" yaratmak için mücadele ediyorlar.