Tokiha Mai, ailesinin ölümü üzerine hasta erkek kardeşinin sorumluluğu ile birlikte yaşam mücadelesinin bütün yükünü sırtlanmış genç bir kızdır. Derslerinde de çok başarılı olan Mai, Fuka Akademisi'nden burs kazanır. Ancak Fuka Akademisi'nin verdiği burs, sadece derslerinde başarılı olduğu için değildir. Burası HIME (Highly-Advanced Materialising Equipment) adı verilen özel güçlere sahip genç kızları toplamaya çalışan bir kurumdur. Kendisindeki bu güçten haberi olmayan Mai'nin hayatı, Fuka Akademisi'ne doğru yaptığı heyecanlı gemi yolculuğu sırasında Mikoto ve Natsuki ile karşılaşmasıyla birlikte tamamen değişir. Artık bir HIME olarak yaşamaya alışması ve güçlerini sevdiklerini korumak için kullanmayı öğrenmesi gerekecektir. Gerçekte kimi sevdiğini anlaması ise çok uzun zamanını alacaktır...