On yıl önce, çaresiz bilim adamı Doktor Hell, yeraltı imparatorluğu olarak bilinen kötü huylu takipçilerini, tüm insanlığı yok etmek için bir mücadeleye sürükledi. Bu kuvvetlere karşı, genç kahraman Kouji Kabuto'nun, efsanevi süper robot "Mazinger Z" ye pilotluk yaptığı savaştı. Kouji'nin zaferi, Doktor Hell'in kötü planını durdurdu ve Dünya'ya barış getirdi.  Şimdi Kouji pilot koltuğunu geride bıraktı ve babasının ve büyük babasının ayak izlerini takip ederek kendi başına bir bilim adamı oldu. Ancak Fuji Dağının derinliklerinde beklenmedik bir karşılaşma, insanlık için daha önce hiç olmadığı kadar büyük bir tehdidi tetikler ve Kouji'nin kaderini sonsuza kadar değiştirir. İnsanlığın kaderi ellerinde bulunan Kouji ve Mazinger Z, iyilik ve kötülük arasında bir seçim ile karşı karşıyadır.