Megaman serisinin ikinci sezonudur. NetNavi teknolojisi çok gelişmiştir. Yeni çipler üretilmiştir ve artık insanlar Navilerle birleşebilmektedir. Bu yeni teknoloji, yeni düşmanlar ve yeni sorunlar getirmektedir. Netto ve arkadaşları, hem NetNavi teknolojisi için hemde düşmanları yenmek için çalışır.