Celestial Being ve UN Güçleri arasındaki savaşın ardından 4 yıl geçmiştir. İnsanlık, Earth Sphere Federation'ı kurup ulusları ve insanlığı birleştirmek için Arrows adlı resmi Federasyon Ordusu'ndan ayrı bir güvenlik gücü oluşturur. Fakat asıl gerçek anti-Hükümet güçlerinin insafsız zulmü, doktrinleri ve ideolojilerini birlik bahanesiyle kullanmasıdır. Bu noktada dört yıl önceki savaştan sağ kurtulan Setsuna F. Seiei, bir kez daha Gundam'ıyla birlikte savaşmaya karar verir.