Mushi-uta'nın hikayesi yakın gelecekte yer alır. Hikayenin başlangıcından on yıl önce, Mushi olarak bilinen garip böcek benzeri yaratıkları görünmeye başlar. Mushi, doğaüstü güçlere dönüşen insanların rüyalarını ve düşüncelerini tüketebilmektedir. Daisuke "Kakkou" Kusuriya, genç bir kız olan Shiika Anmoto ile karşılaşır. Ve zamanla birbirlerine yakınlaşırlar. Mushi tarafından ele geçirilmiş olan GARDEN olarak bilinen gizli hapishaneden Shiika kaçar. GARDEN'in askeri kuvveti, Özel Evresel Koruma Yönetici Ofisi, Shiika'yı bulması için en iyi katiline bir mesaj yollar. Gizli tutulan Ladybird tarafından Mushibane direnç organizasyonu farklı bir dirençle karşılanır.