Nils Holgersson, ailesiyle beraber İsveç’te bir çiftlikte yaşayan ve yiyip içmekten başka bir iş yapmayan haylaz bir çocuktur. Canı sıkıldığında çiftlikteki hayvanlara türlü işkenceler yapan Nils, bir gün çiftlikte bir cin bulur ve ona da tıplı çiftlikteki hayvanlar gibi davranır. Bu aşağılamaya dayanamayan cin, Nils’i cezalandırarak onu bir cüceye çevirir. Nils’in nerdeyse bir böcek kadar ufaldığı gören çiftlikteki hayvanlar Nils’den intikam almak için onu kovalamaya başlarlar. Nils ve küçük dostu Carrot, çiftlikten bir kaz olan Morten’in sırtına atlayarak kaçar. Nils, Carrot ve Morten, bir süre sonra Akka’nın kaz sürüsüne katılarak onlarla beraber İsveç üzerinde yolculuklarına başlarlar. Nils, tekrar büyümenin bir yolunu aradığı bu yolculukta, yeni arkadaşlarının güvenini kazanırken iyiliğin, dostluğun ve diğerlerine değer vermemenin güzelliğini keşfedecektir.