Waldstein Akademisi, doğa üstü eğitim yöntemleri üzerine çalışmalar gerçekleştirmeye vakfedilmiş bir kurumdur. Bu sebeple de Esrarlı Akademi olarak tanınmaya başlamıştır. Maya Kumashiro, aynı zamanda babası olan eski okul müdürü Junichiro Kumashiro'nun cenazesiyle ilgilenmek üzere geri döner. Maya şehre geldiğinde Fumiaki Uchida isminde birisiyle tanışır. Fumiaki Uchida, "Nostradamus Kehanetleri"ni gerçekleşmeden önlemek üzere gelecekten 1999'a gönderilmiş bir "zaman ajanı"dır. Kehanete göre okul gelecek olan felaketin başlangıç noktası olacak ve neticesinde tüm dünya yok olacaktır. Buna neyin sebep olacağını bulmak için bir takım oluştururlar ancak harcayacak fazla zamanları yoktur.