Hikaye güney kutbunda aniden sislerin arasında ortaya çıkan sütun ile başlar. Jam olarak bilinen bu sütün aslında Dünya'nın işgal edilmesine neden olacak bir geçittir. Bu tehdite karşı, Birleşmiş Milletler; Toprak savunma birliği kurmuştur. Fukai Zero da bu birlik ve özel 5. Uçuş birliğine katılan bir kahramandır. Onun keşif uçağı Yukikaze ise en iyi yapılmış Keşif Uçağıdır. Bu uçağın görevi savaş hakkında gerekli bilgileri toplamak ve bu bilgileri güvenli bir şekilde merkeze götürmektir. Ama bir gün, Yukikaze görevin tamamlanacağı sırada tanımlanamayan bir makine tarafından vurulur.