Uzak bir gelecekte, galaksinin uzak noktalarından birinde Galaktik Ä°nsan Ä°ttifakı hayatta kalabilmek için Gudubet adındaki grotesk bir ırka karşı savaş vermektedir. Genç teğmen Red ile onun insansı mobil silahı Chamber yoğun geçen bir çatışma sırasında bir solucan deliği tarafından yutulurlar. Yattığı zoraki uykudan uyanan Red savaşta kaybedilmiş sınırlardan biri olan Dünya'da gözlerini açar. Bu gezegen tamamen sular altında kalmıştır. Ä°nsanlar devasa gemilerden oluşan filolarda yaşamakta ve hayatlarını idame ettirmek için denizin altındaki enkazları toplamaktadır. Gargantia adındaki filolardan birine gelen ve gezegenin tarihçesi ya da kültürü hakkında hiçbir şey bilmeyen Red, Gargantia filosunda ulak olarak çalışan 15 yaşındaki Amy'nin yanına verilir. Barış dolu geçen bu günler hayatı boyunca savaşmış olan Red'i sürekli şaşırtacaktır.